研究人员提出了空间转录组学分析与主题建模结合的方法（STAMP）。这是一种可解释的空间感知降维方法，基于深度生成模型，返回生物学相关的低维空间主题和相关基因模块■◆★★★★。STAMP可以分析从单个切片到多个切片◆■，以及不同技术和时间序列数据的数据■■，返回与已知生物学领域相匹配的主题◆★，并包含高度排名的已建立标记的相关基因模块。
据介绍，空间转录组学生成了具有空间背景的高维基因表达测量。获得这种数据的生物学上有意义的低维表示对有效解释和后续分析至关重要◆◆。
在一份肺癌样本中，STAMP以比原始注释更高的分辨率勾画了细胞状态及其支持标记，并发现了集中在肿瘤边缘外侧的癌症相关成纤维细胞。在小鼠胚胎发育的时间序列数据中，STAMP解析了肝脏内红细胞-髓系造血和肝细胞的发育轨迹。STAMP具有很高的可扩展性，可以处理超过500000个细胞。
新加坡科技研究局Jinmiao Chen研究组发现，可解释的空间感知降维方法STAMP可用于空间转录组学。这一研究成果于2024年10月15日在线发表在国际学术期刊《自然方法学》上。